Die zerstörte erste Abteikirche von ca. 1000 gestaltete Abt Balderich im hochromanischen Stil um. 1147 wurde dieser bis heute noch bestehende Bau eingeweiht. Die vielfachen Umgestaltungen spiegeln die wechselvolle Geschichte des Klosters wieder. 1760 - 1782 ließ Abt Beda Seeauer das Innere der Kirche unter Mitarbeit in- und ausländischer Künstler (Franz X. König, Lorenz Härmbler, Johann N. Högler, Benedikt Zöpf, J. Weiß, J. Martin Schmidt) völlig umgestalten.



Die Stiftskirche ist eine Klosterkirche, in erster Linie für die Gottesdienste der Klostergemeinschaft bestimmt.